Испаниянын басып алуучусу Дон Нуньо Белтран де Гузмандын өлкөнүн аймактарына үстөмдүгүн жана бийлигин арттыруу максатында, анын батыш жерлерин көздөй тынымсыз чабуулдары Жаңы Галисия Падышалыгы деп аталган жаңы провинцияны негиздеген.
Бул аймакта ар кандай түпкүлүктүү топтор жашашкан, алар анда испандыктар түптөп келген конуштарды үзгүлтүккө учуратышкан. Нуньо де Гузмандын лейтенанты, капитан Хуан Б. де Онате провинцияларды тынчтандырууга жана Ночистлан деп аталган жерден Вилла де Гуадалахараны табууга буйрук алган, бул факт 1532-жылдын 5-январында аны ордунан чыгарган. Шаарга тез-тез жергиликтүү кол салууларды эске алган. ал бир жылдан кийин Тоналага, кийинчерээк Тлакотланда көчүп кетиши керек болчу. Үчүнчү которуу шаарды Atemajac өрөөнүнө жайгаштыруу үчүн жүргүзүлдү, ал жерде шаар 1542-жылдын 14-февралында түп-тамырынан бери түптөлүп, Кристобал де Онатенин Нуэва-Галисия жана Дон Антонио-де-Мендосанын губернатору катары катышуусу менен болгон, анда Мигель де Ибарраны мэр жана лейтенант губернатор кылып дайындаган Жаңы Испаниянын вице-президенти.
Шаар тездик менен өнүгүп, ошол кездеги диний жана жарандык күчтөрдүн борбору болгон Компостела (азыркы Tepic) шаарына атаандаштык түзө баштады, ошондуктан Гвадалахаранын тургундары Аудиенсия бийликтерине ушундай кысым көрсөтүштү, анткени падыша Фелипе II Компостеладан Гвадалахарага, Соборго, Королдук Сотко жана Казыналыктын кызматкерлерине көчүп кетүү үчүн 1560-жылдын 10-майындагы Күбөлүк берүүнү чечкен.
Шаардык структура башка колониялык шаарларга ылайык пландаштырылган, ошондуктан анын схемасы Сан-Фернандо аянтынан чыккан шахмат тактасынын формасында иштелип чыккан. Кийинчерээк Фрей Антонио де Сеговия тарабынан Мексикальцинго жана Аналько коңшулары, ал эми Мезкиттан району эң эски шаарлардын бири болгон. Мэрия үйлөрү, азыркы Сан-Агустин храмынын жана Адилет Сарайы жайгашкан биринчи чиркөө чиркөөсүнүн алдында да курулган.
Бүгүнкү күндө колониялык имараттарда гүлдөгөн кереметтүү шаар архитектуранын көптөгөн үлгүлөрүн көргөзүүдө, мисалы, архитектор Мартин Касильяс тарабынан 1561-1618-жылдар аралыгында курулган Собор, бул жерди көрүү керек. Анын стили башталган барокко деп классификацияланган. Анын бекем структурасы бүгүнкү Гвадалахара аянтчасынын алдына көтөрүлүп, кызыктуу мунаралары менен, алар имараттын баштапкы стилине кирбесе дагы, учурда Гвадалахаранын борборунун символу катары таанылган. Алгачкы мунаралар 19-кылымда жер титирөөдөн улам талкаланган, ушул себептен бүгүнкү күнгө чейин курулган мунаралар кошулган. Ийбадаткананын ичи жарым готикалык стилде, анын ичинде боо менен токулган кампалар да бар.
16-кылымдагы башка диний участоктор Сан-Францисконун монастыры, 1542-жылы дарыянын жанында, Аналко конушунда негизделген жана Реформация учурунда дээрлик жок кылынган. Анын ибадатканасы 17-кылымдын аягында оңдолгон, анын Соломон жупуну сызыктарынан жасалган барокко фасады менен. Сан-Агустин монастыры, 1573-жылы Фелипе II Королдук Жарлыгы менен негизделген жана ушул тапта ибадатканасын катуу Геррериан линияларынын фасады менен, ал эми ички бөлүктөрүн кырдуу сакчылар менен сактайт.
Санта-Мариа-де-Грасия, дагы бир кечилдик фондунун, Пуэбладагы Доминикандык кечилдер ээлеп алышкан, 1590-жылы Сан-Агустин Плазасынын алдында курулган жана анын чыгымдарын Эрнан Гомес де ла Пенья төлөгөн. Курулуш алты блокту ээлей баштады, бирок бүгүнкү күндө анын ибадатканасы гана сакталып турат, 18-кылымдын экинчи жарымынан баштап неоклассикалык фасад менен.
